De Wet milieubeheer regelt de procedure voor provinciale milieuverordeningen en de bevoegdheden van adviesinstanties zoals de Nederlandse Emissieautoriteit, de Commissie voor de milieu-effectrapportage, de Commissie genetische modificatie en de provinciale milieucommissie. Ook staan de regels opgenomen voor het opstellen van een nationaal, provinciaal, regionaal dan wel gemeentelijk milieubeleidsplan en milieuprogramma.

Hoofdstuk 5 gaat over de milieukwaliteitseisen, het (uitgebreide) hoofdstuk 7 over de milieu-effectrapportage en hoofdstuk 8 over de inrichtingen en de vergunning die benodigd is voor het hebben van een inrichting. Hoofdstuk 11 behandelt onder meer de verplichte milieuverslaglegging; de handel in emissierechten wordt in hoofdstuk 16 geregeld. Een opsomming van de activiteiten die de opstelling van een Milieu-effectrapport (MER) met zich brengen, wordt gegeven in het Besluit milieu-effectrapportage 1994.

De verdeling van bevoegdheden en verantwoordelijkheden tussen rijk, provincie en gemeente voor het verstrekken van een vergunning in het kader van de Wet milieubeheer, wordt nader geregeld in het Inrichtingen en Vergunningenbesluit (IvB) .