Verordening (EG) Nr. 882/2004 (52 pagina's) inzake officiële controles op de naleving van de wetgeving inzake diervoeders en levensmiddelen en de voorschriften inzake diergezondheid en dierenwelzijn, kortweg de Hygiënecontroleverordening, is van toepassing met ingang van 1 januari 2006, behalve de artikelen m.b.t. vergoedingen en heffingen (art. 27 en 28), die pas met ingang van 2007 van toepassing zijn.

In artikel 2 staat onder punt 17 t/m 19 opgenomen de definities van documenten-, overeenstemmings- en materiële controle. Artikel 7 bestrijkt de bepalingen inzake openbaarmaking van de resultaten van controleactiviteiten (lid 1) en geheimhouding van bepaalde tijdens de controle verkregen informatie (lid 2 en 3). Diervoeders en levensmiddelen die in de EU worden ingevoerd maar niet voldoen aan de wetgeving, kunnen worden verplicht een extra behandeling te ondergaan, kunnen worden teruggeroepen dan wel vernietigd, afhankelijk van de vraag of en in welke mate wordt geoordeeld dat er gevaar voor de gezondheid van mens of dier dreigt (artikel 19). Er zijn regels voor verdere bewerking van afgekeurde partijen (artikel 20) en eventuele terugzending (artikel 21), waarbij de kosten van de controleactiviteiten en vervolgacties voor rekening van de voor de zending verantwoordelijke exploitant komen (artikel 22). Dit geldt ook voor de kosten van aanvullende officiële controles indien duidelijk sprake is van niet-naleving van de voorschriften (artikel 28).

Artikel 58 omschrijft op welke punten de huidige Controlerichtlijn (97/78/EG) wordt gewijzigd. In bijlage V, hoofdstuk III staan de minimumvergoedingen en -heffingen voor vleesproducten, bijproducten en diervoeders van dierlijke oorsprong.

Richtsnoeren audits
Voor het uitvoeren van de in artikel 4, lid 6 bedoelde interne en externe audits die moeten garanderen dat de bevoegde autoriteiten aan de doelstellingen van de Hygiënecontroleverordening voldoen, heeft de Europese Commissie op 29 september 2006 richtsnoeren vastgesteld voor criteria die voor de audits kunnen worden gehanteerd. De richtsnoeren zijn niet bindend, maar dienen als nuttig hulpmiddel voor de lidstaten bij de uitvoering van Verordening (EG) Nr. 882/2004. In Beschikking 2006/677/EG wordt de norm ISO 19011:2002 als algemeen uitgangspunt genomen en worden daarnaast in de bijlage enkele specifiekere richtsnoeren gepreciseerd.

Met terugwerkende kracht tot 1 mei 2004 is op 9 april 2008 Verordening (EG) nr. 301/2008 gepubliceerd, waardoor de lijst van grondgebieden waarop officiële controles worden uitgevoerd, is uitgebreid met de lidstaten die in 2004 tot de EU zijn toegetreden.